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技術領先永遠是醫院發展的硬道理，學科建設是提高醫院核心競爭力的有力抓手，通過不斷的奮斗與積累，嘉興市第二醫院又添兩個省市共建醫學重點學科——心血管病學（心電生理與起搏方向）和運動醫學。
嘉興市第二醫院心血管內科始建于1976 年，在學科帶頭人江力勤教授的引領及全體職工的努力下，目前已發展成為浙北地區設備先進、技術一流的心血管醫學中心，2007年獲得省衛生廳批準成為首批冠心病介入、起搏器植入、心臟電生理介入及先心病介入準入資質；2012年成立嘉興市首家“心臟起搏器患者俱樂部”；2013年，可安全用于磁共振成像（MRI）的心臟起搏器成功植入；2016年通過中國胸痛中心認證，成為浙江省第三家、嘉興市第一家“中國胸痛中心”。主動融入長三角區域一體化發展，深入接軌滬杭，經嘉興市衛生健康委員會批準同意，成立了上海長征醫院嘉興市第二醫院疑難心血管病診療中心、浙江大學醫學院附屬第二醫院介入中心嘉興工作站、浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院心血管疾病遠程會診中心；同時是國家心血管病中心高血壓專病醫聯體浙江省嘉興市分中心、美國心臟協會心血管急救培訓中心，有效借助滬杭及國際資源，不斷提升技術實力，更好地為周邊群眾健康保駕護航。
嘉興市第二醫院骨科始建于20世紀60年代初，是嘉興市省市共建醫學重點學科，嘉興市醫學重點支撐學科、嘉興市骨科質控中心、嘉興市脊柱外科中心、北美醫學教育基金會嘉興脊柱微創診療中心。擁有復旦大學附屬華山醫院——嘉興市第二醫院運動醫學診療中心，有效借助上海先進技術；擁有省內首臺“天璣”骨科機器人，以北京積水潭醫院雄厚的診療水平為后盾，借梯登高，不斷磨練技術，更好地服務周邊百姓。
